まずは基本知識。

intelのem64tとAMDのAMD64は互換性があります。
先発のAMDの規格にintelが合わせたためです。
そのためDebian-AMD64 Sargeはem64tでもOKです。

Debian-AMD64 Sargeは現在は非公式です。
しかし、次期公式安定版Etchでは公式となる事が決まっているようです。
また、非公式でありながらDebian セキュリティチームによる完全なセキュリティサポートがあります。

詳細はこちらをご覧ください。
http://www.debian.org/ports/amd64/

64bitのメリット
・大きなデータを扱う際の効率が良いらしい。
・今からDebian-AMD64を使用していればEtchで正式対応となった時に乗り換えが楽。(かもしれない)
・新しいアーキテクチャを体験できる。(自己満足)

インストールはAMD64用のイメージをダウンロードして普通にインストールするだけです。
http://cdimage.debian.org/cdimage/unofficial/sarge-amd64/
ちょっと異なるのがデフォルトがkernel2.6となっている点です。

また、何故かマルチプロセッサ非対応のkernelなので、インストール後にaptitudeする必要があります。
(もちろんデュアルコアやハイパースレッドでないCPUを使用している場合はこのままでOKです)

自分の場合は、
aptitude install kernel-image-2.6-em64t-p4-smp
しました。(-smpというのがマルチプロセッサ対応という意味のようです)

CPUが2つ以上動作しているかは
cat /proc/cpuinfo
で、確認できます。

topコマンドは起動時には1CPUしか表示しませんが、
1 を押した後 W を押せば複数のCPUが表示されるようになります。