tripwire
aptitude install tripwire

現状の情報を保存
/usr/sbin/twadmin -m P -S /etc/tripwire/site.key /etc/tripwire/twpol.txt
存在しないファイルなどがあるとエラーが出るのでtwpol.txtを修正して再度実行。

改竄されていないか確認
/usr/sbin/tripwire -m i

crontabには自動的に登録されていて、毎朝レポートが届く。